مقاله طراحی پرایمر

5000 تومان
تعداد صفحه : 16
حجم فایل : 500 KB
فرمت فایل : Word
5000 تومان – خرید

لینک دانلود بعد از اضافه کردن پروژه به سبد خرید و پرداخت آن در اختیارتان قرار خواهد گرفت.

توضیحات

طراحی پرایمر
همراه با فایل زبان اصلی

قواعد مشخصی‌ برای‌ اینکه‌ بتوان‌ با اطمینان‌ یک‌ جفت‌ پرایمر موثر را انتخاب‌ کرد وجود ندارد. در حال‌ حاضر پرایمر بیش‌ از هر عامل‌ دیگری‌ عامل‌ موفقیت‌ یا شکست‌ در یک‌ واکنش‌ تکثیری‌ است. بعضی‌ قواعد راهنمایی‌های‌ مفیدی‌ را در مورد طراحی‌ آغازگر بیان می‌کنند:
۱- طول‌ متوسط‌ هر پرایمر بین‌ ۳۰-۱۸ جفت‌باز باشد، زیرا پرایمر با طول‌ کوچک‌ اتصال‌ غیراختصاصی‌ را افزایش‌ داده و پرایمر بزرگ سرعت‌ هیبریداسیون‌ را کم‌ می‌کند.
۲- مقدارG-C دو پرایمر با هم‌ مشابه‌ بوده‌ و حدود ۵۰-۶۰ درصد باشد.
۳- آغازگرها باید از نظر مکمل‌ بودن‌ با هم‌ کنترل‌ شوند. (پرایمر دایمر یا آغازگر دوتایی‌ یک‌ تکثیر مصنوعی‌ است‌ که‌ اغلب‌ در محصول PCR مشاهده می‌شود و عبارتست‌ از یک‌ قطعه دو رشته‌ای‌ که‌ طول‌ آن‌ تقریبا به‌ مجموع‌ دو پرایمر نزدیک‌ است‌ و هنگامی‌ مشاهده‌ می‌شود که‌ یک‌ پرایمر توسط‌ آنزیم‌ پلیمراز به‌ روی‌ پرایمر دیگر گسترش‌ یابد. مکانیزم‌ واقعی‌ که‌ چگونه‌ پرایمر دایمر تشکیل‌ می‌شود بدرستی‌ مشخص‌ نیست. پرایمرها با انتهای‌مکمل‌ َ۳ مستعد تشکیل‌ دایمر هستند. ممکن است ضعف‌ در آنزیم Taq باعث‌ پلیمریزاسیون‌ مستقیم‌ الگوی ‌غیرهدف‌ شود. در هر حال‌ چنانچه‌ پرایمر دایمر بعنوان‌ مانعی‌ مشاهده‌ شوند می‌توان‌ آن‌ را تا حدودی‌ با غلظت‌ حداقل‌ پرایمر و آنزیم‌ کاهش‌ داد).
۴- در انتهای‌ َ۳ پرایمر باید حداقل یک C یا G قرار گیرد در توالی‌هایی‌ که پرایمرهای آنها‌ دارای‌ انتهای‌ َ۳ غنی‌ا زG یا C است، احتمال‌ اتصال‌ اشتباهی‌ افزایش‌ می‌یابد.
۵- باید تا حد امکان‌ از توالی‌های‌ پالیندرومیک‌ داخل‌ پرایمرها جلوگیری‌ کرد.
۶- نسبت‌ چهار نوکلئوتید در آغازگر حتی‌المقدور یکسان‌ باشد.
۷- آغازگر به‌ توالی‌ تکرار شونده‌ ختم‌ نشود.
۸- دمای Tm ‌دو آغازگر نزدیک‌ هم‌ باشد. (حدمجاز دمای‌ اتصال‌ پرایمر طراحی‌ شده ‌باید بین‌ ۶۵-۵۵ باشد. دمای‌ تکثیرایده‌آل‌ ۷۲-۶۲ می‌باشد).

روغنهای معدنی
‌‌‌‌روغنهای معدنی سبک‌ برای پوشاندن‌ مخلوط PCR ‌ و جلوگیری از تبخیر به‌ کار می روند بطورکلی حدود ۶۰-۴۰ میکرولیتر از روغن‌ به‌ ۱۰۰ میکرولیتر از محلول PCR ‌ اضافه‌ می‌شود روغن‌ همچنین‌ از آلودگی نمونه‌ ها جلوگیری می کند چنانکه‌ سرپوش‌ ترموسایکلر گرم‌ شود احتیاجی به‌ پوشش‌ با روغن‌ نمی باشد روغن‌ را با پیپت‌ یا استخراج‌ با کلروفورم‌ براحتی می توان‌ خارج‌ ساخت‌.